Die Basilika wurde zu Ehren des Hl. Johannes im 6. Jahrhundert von Kaiser Justinian über dem Grab des Apostels und Evangelisten errichtet.
Die Johanneskirche befindet sich an einem Hang des Ayasoluk-Hügels, in der Nähe des Zentrums von Selçuk, unterhalb der byzantinischseldschukischen Festung.
Schnell wurde die Basilika ein wichtiger Ort des frühen Christentums und ein bedeutendes
Pilgerziel. 
In den Ruinen des Basilika befindet sich auch ein hervorragend erhaltenes Baptisterium.
Diese achteckige Taufkapelle mit dem mittig gelegenen Taufbecken eignet sich in herausgehobener Weise für ein persönliches oder gemeinschaftliches Taufgedächtnis, von Westen nach Osten durchschritten werden.
Es kann zu einem tief berührenden Erlebnis werden dabei wahrzunehmen und zu bedenken, dass die Taufe ein Eintauchen in das Bad der liebevollen Barmherzigkeit Gottes und ein Aufbruch in die aufgehende Sonne, Christus, ist.